Kegiatan Perdagangan di Kota Kendari terdiri dari perdagangan ekspor dan impor serta perdagangan antar pulau. Jenis barang yang diperdagangkan meliputi berbagai komoditi dari hasil pertanian, perkebunan, peternakan, perikanan, dan kehutanan. Disamping itu juga terdapat sejumlah  impor barang.

Volume dan nilai ekspor Kota Kendari, dalam penerbitan ini disajikan pada Tabel 7.1.1 dan Tabel 7.1.2. Dari Tabel 7.1.1 tersebut, baik volume maupun nilai ekspor Kota Kendari pada tahun 2006 terlihat mengalami penurunan, jika dibandingkan dengan volume dan nilai ekspor tahun 2005. Volume ekspor menurun sekitar 33,78 persen dari sebanyak 582,73 ton pada tahun 2005 turun menjadi 385,88 ton pada tahun 2006. Bersamaan dengan itu nilai ekspor juga mengalami penurunan sebesar 84,90 persen dari nilai ekspor sebesar US$ 2,7 juta pada tahun 2005 menurun menjadi  US$ 414,81 ribu pada tahun 2006.

    Untuk tahun 2006, volume ekspor jenis komoditi perikanan mempunyai porsi terbesar dalam kegiatan ekspor Kota Kendari, yaitu 99,48 persen. Sementara itu nilai ekspor komoditi perikanan memberikan kontribusi terbesar yaitu senilai US$ 412,57 ribu atau 99,46 persen dari total nilai ekspor tahun 2006.

Berdasarkan negara tujuan, Jepang mendominasi tujuan ekspor Kota Kendari, mencapai 351,48 ton atau sekitar 91,08 persen dari total volume ekspor, dengan nilai US$ 382,44 ribu atau sekitar 92,20 persen dari total nilai ekspor Kota Kendari.

Pada tahun 2006 tidak ada barang dari luar negeri yang masuk ke Kota Kendari, sehingga nilai impornya nol.

Volume perdagangan antar pulau hasil bumi dan laut di Kota Kendari tahun 2006 sebanyak 113.249,00 ton, mengalami peningkatan jika dibanding dengan tahun 2005 yang mencapai sebanyak 24.297,90 ton atau naik sebesar 366,08 persen. Untuk nilai perdagangan antar pulau pada tahun 2006 menunjukkan peningkatan, yakni naik 196,21 persen dari tahun sebelumnya sebesar Rp. 146,82 miliar.

Menyusul hasil sub sektor Hasil Kehutanan dengan volume sebesar 21.303 ton  (18,81 persen) adalah yang terbesar kedua dengan nilai Rp. 28.954,5 juta atau memberi andil sebesar 6,98 persen terhadap total nilai perdagangan antar pulau.

Setelah komoditas hasil sub sektor kehutanan, sub sektor lainnya, sub sektor tanaman pangan, sub sektor perkebunan, sub sektor perikanan dan sub sektor peternakan ternyata kontribusinya terhadap total volume perdagangan antar pulau Kota Kendari tahun 2006 relatif kecil berkisar antara 0,02 persen untuk sub sektor peternakan hingga 5,70 persen untuk sub sektor perkebunan.

Pada sub sektor perikanan, komoditas ikan beku menjadi andalan perdagangan antar pulau Kota Kendari tahun 2006 sebanyak 2.389 ton dan dengan nilai Rp. 22,69 miliar atau memberikan konstribusi sekitar 57,85 persen dari total nilai perdagangan sub sektor perikanan.

Sementara pada sub sektor tanaman pangan, komoditas yang menjadi andalannya adalah kacang hijau sebanyak 115 ton dengan nilai Rp. 152,5 juta atau memberikan andil sebesar 81,67 persen dari total nilai perdagangan antar pulau sub sektor tanaman pangan.

Sementara pada sub sektor peternakan, perdagangan kulit ternak  basah menjadi adalan di sub sektornya mencapai 18 ton dengan nilai Rp. 257 juta atau sebesar 100 persen dari total nilai perdagangan antar pulau sub sektor peternakan.

Apabila kita lihat berdasarkan tujuan pelabuhan bongkar, ternyata pelabuhan Makassar menjadi tujuan utama perdagangan antar pulau keluar dari pelabuhan Kota Kendari dalam tahun 2006 ini dari segi nilainya. Volume perdagangan yang dibongkar pada pelabuhan tersebut 58.670 ton dengan nilai mencapai Rp. 235.400 juta.