Wilayah administrasi Kota Kendari terdiri atas 10 wilayah Kecamatan, yaitu Kecamatan Mandonga, Kecamatan Baruga,  Kecamatan Poasia, Kecamatan Abeli, Kecamatan Kendari, Kecamatan Kendari Barat, Kecamatan Puwatu, Kecamatan Wua-Wua, Kecamatan Kadia dan Kecamatan Kambu berdasarkan Peraturan Daerah Kota Kendari Nomor 5 s/d 14 Tahun 2005 yang selanjutnya terbagi menjadi 64 kelurahan.

Kota Kendari dikepalai oleh seorang Walikota, di dalam melaksanakan tugasnya Walikota Kendari dibantu oleh Sekretaris Wilayah Kota yang membawahi beberapa Asisten, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA), dan Inspektorat Wilayah Daerah serta dibantu oleh berbagai instansi dinas/vertikal yang masing-masing mempunyai lingkup tugas yang berbeda-beda. Di setiap kecamatan dan kelurahan, Walikota Kendari mendudukkan masing-masing seorang Camat dan seorang Lurah dalam upaya untuk membantu kelancaran pelaksanaan pembangunan dan kemasyarakatan sampai ke bawah.
 

Secara terinci wilayah administrasi pemerintah Kecamatan Mandonga tahun 2006 dengan ibukotanya Wawombalata, terdiri dari 6 kelurahan, wilayah administrasi pemerintah Kecamatan Baruga dengan ibukotanya Watubangga, terdiri dari 4 kelurahan, wilayah administrasi pemerintah Kecamatan Poasia dengan ibukotanya Rahandouna terdiri dari 4 kelurahan, wilayah administrasi pemerintah Kecamatan Abeli dengan ibukotanya Anggalomelai terdiri dari 13 kelurahan, wilayah administrasi pemerintah Kecamatan Kendari dengan ibukotanya Kandai terdiri dari 9 kelurahan, wilayah administrasi Kecamatan Kendari Barat dengan ibukotanya Benu-Benua terdiri dari 9 kelurahan, Kecamatan Puwatu dengan ibukotanya Puwatu terdiri dari 6 kelurahan, wilayah administrasi Kecamatan Wua-Wua dengan ibukotanya Wua-Wua terdiri dari 4 kelurahan, wilayah administrasi Kecamatan Kadia dengan ibukotanya Bende terdiri dari 5 kelurahan, dan wilayah administrasi Kecamatan Kambu dengan ibukotanya Kambu terdiri dari 4 kelurahan.

Menyikapi tuntutan tetap tegaknya semangat reformasi, maka penyelenggaraan pemerintahan di wilayah Kota Kendari dilaksanakan dengan bertumpu pada prinsip-prinsip demokratis, partisipatif, transparansi dan akuntabel  dalam upaya mewujudkan  penyelenggaraan pemerintahan yang baik (good governance).
 

Untuk mencapai hal tersebut diperlukan pendekatan pengelolaan yang strategis antara permasalahan internal dan tantangan eksternal bagi Kota Kendari, diperlukan suatu cara pandang bersama para pengelola kebijakasanaan maupun pelaku pembangunan Kota (Stakeholders) bagi masa depan Kota Kendari, dalam suatu Visi, Misi, Kebijaksanaan dan Strategi (Vimistra) Pembangunan Kota Kendari.